Le origini di Morlupo sono leggendarie come la sua etimologia, lo si fa risalire al secolo VIII ad opera di profughi e coloni scampati alle distruzioni e saccheggi di Monte la Guardia e delle fattorie della zona, operati dai Saraceni e Ungheri. Dopo aver ceduto le loro terre alla Chiesa in cambio di protezione e assistenza, si rifugiarono in un "vicus" abbandonato e quasi inaccessibile, come una mazzocca.

La presenza nel Forum Morolupum di tre o più catacombe cristiane del secolo IV-V dimostra che nuclei rurali e coloni di piccole fattorie agricole, già di fede cristiana, sorgevano nel territorio di Monte la Guardia, di Fontana Vecchia e nei voc. Sterpareti e Fornelli.

Papa Giovanni VIII assegnava il vicus e le terre ad vicesimum della Flaminia al conte Giovanni di Leone, dux, che costruì la chiesa di S. Giovanni Battista e vi fu sepolto il 16 luglio 898. In seguito fu investito ai monaci benedettini di S.Paolo fuori le mura di Roma, che lo tennero fino al pontificato di Nicolò III.

Nel 1014 l'imperatore Enrico II occupava Morlupo, Castelnuovo, Fiano e Riano per poi restituirli all'Abbazia di S. Paolo.
 

Un documento del Registro Farfense mensiona nel 1038 due chiese rurali "in fundo Morlupo", territorio collinese, donate al monastero di Farfa. Anche il monastero di S. Ciriaco di via Lata possedeva nel 1052 una vigna in territorio Morlupo in loco basilorium, come pure vi possedeva beni il monastero di S. Pietro de Fiorentillo.

Papa Gregorio VII confermava nel 1074 e nel 1081 al monastero di S. Paolo il "castrum Moorilupo cum suis pertinentis"; la stessa cosa fecero i papi Innocenso III con bolla del 1203, Onorio III nel 1218 e Gregorio IX nel 1236, definendolo "castrum quod vocatur Morlupum".